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广东欧易生物空间转录组领域

来源: 发布时间:2021-12-09

10x Genomics 公司提供的 Visium 空间基因表达解决方案是目前***一个高通量空间转录组的商业化解决方案。该解决方案巧妙的将单细胞测序技术原理和组织切片染色结合在一起,从而研究空间分辨率下整个转录组 mRNA 的表达情况,同时在同一组织切片中获得组织学相关信息。空间转录组相关的显微解剖技术通常分为两类:机械和光学。前者包括 Tomo-seq 等,通过沿感兴趣轴,利用冷冻切片机进行组织切片,然后在每个切片上均进行 RNA 测序。10x 提供的载玻片分为两种:用于摸索组织比较好透化时间的组织优化玻片和用于正式实验的基因表达玻片。细胞通讯是单细胞研究中一个模拟与理解复杂组织生态系统动力学的适用方法。广东欧易生物空间转录组领域

广义上来说,目前一共有4种解析“空间性转录组”的策略:2.第一种是利用计算机算法,根据单细胞转录组数据来模拟重构组织的空间形态。例如Seurat,这是一个在单细胞数据分析中***用到的R包,我们可以利用scRNA-seq数据,加上对markegene进行原位测序的结果来重构组织的空间信息。3.第二种,激光显微切割+二代测序(LCM+NGS)。这种技术对仪器和实验人员的操作要求较高,而且获取的通量也比较低,如果组织非常珍贵或者研究的内容十分精细,可以考虑这个。但是这种策略比较难被官方干运用。4.第三种策略,就是基于高分辨图像的原位测序。**经典的是smFISH当然,这种方法的通量比较低。当然随着技术的发现,刚发布的FISH-seq技术通过多轮杂交的方式,已经把测序通量提高到了10000+个转录本。5.***就是“基于空间条形码(spatialbarcodes)的空间转录组技术。本文主要讨论的也就是这种技术。后面主要讨论的都是基于这种策略。 山西欧易生物空间转录组做什么研究的***主要集中于人类和小鼠的大脑,而其他***(例如肝脏)的空间转录组学研究相对滞后。

基于原位测序的空间转录组技术。基于原位测序(ISS)的方法通过测序产生空间转录组信息,这种方法只依靠连接酶连接两段DNA—一段已知序列的引物和一个探针与模板匹配,不匹配的探针就会被洗掉。2013年开发的ISS中,每个探针使用一个查询碱基来测序基因条形码。FISSEQ和后来的EXeq使用了SOLiD,每个探针使用两个查询碱基来测序环化和RCA扩增的cDNAs。在STARmap中,基因条形码由SEDAL测序,其中还使用了两个类似固体的查询碱基来避免错误。BARseq还用基因条形码放大了RCA探针。基于ISS技术的优势包括:单细胞分辨率、亚细胞转录物定位和可应用于更大的组织区域。缺点是:检测效率较低。

空间基因表达技术能够在保留空间背景信息的同时,多方位测量转录组谱。然而,现有的分析方法并没有解决技术分辨率有限或有效利用空间信息的问题。来自美国的科研团队开发了BayesSpace,这是一种完全贝叶斯统计方法,它使用来自空间邻域的信息来增强空间转录组数据的分辨率并进行聚类分析。BayeSpace通过使用的Bioconductor SingleCellExperiment数据结构将预处理数据作为输入,无缝集成到空间转录组分析工作流中,输出同样存储在SingleCellExperiment对象中,该对象可用于下游分析。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。如何通过“HE染色”判断空间转录组项目样本是否为“好的样本”呢?

10x Genomics空间转录组技术的准确性高吗?下图是一个将10x Genomics空间转录组技术应用于小鼠海马体研究的案例。A图为脑组织切片的HE染色结果,从10x Genomics空间转录组分析结果中,可以清晰看到Tmsb4x(B图)和Selenow(C图)在海马体区域高表达,和已知的研究结果一致性较高。开展10x Genomics空间转录组需要做哪些准备?空间转录组是一项十分前沿的技术,涉及到很多细节方面的准备工作,例如组织类型的选择、前期预实验的设计、病理区域的确认等一系列内容。而且实验中存在很多不确定性因素,处理不慎容易导致整个项目失败。空间转录组可以进行细胞间通讯分析,区别在于空间位置信息可以同时用于识别潜在的细胞间相互作用。青海欧易生物空间转录组做什么

空间转录组组织学板块包括样品的包埋、切片、固定、染色及成像,记录切片的形态学信息。广东欧易生物空间转录组领域

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