空间转录组是在组织原位检测基因表达的一种技术,与bulk RNA-seq或单细胞转录组测序相比,空间转录组避免了组织中细胞位置信息的丢失,使得我们在检测基因表达的同时获得基因在组织内部的空间位置信息。已发表的关于空间转录组技术有Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq。这些方法或是在细胞数量上限制较大,或是存在有效测序深度不足等问题。正是由于空间转录组可以从多维度解析生物学过程的特点,近年来关于空间转录组无论是在技术开发,还是大规模应用或商业化,都得到蓬勃发展。
空间转录组技术重点为特殊的载玻片。山东欧易生物空间转录组报价
空间重构的计算策略:这种计算方法可以充分利用内在基因表达模式或共表达的趋势,从单个细胞的大量转录组数据中重构细胞间的环境。然而,这些推论方法在某些情况下*呈现空间趋势或特定组织的总体布局。基于LCM的方法:基于LCM的转录组学或基因组学成功地获得了单个细胞的空间转录组,尽管其通量很低,但是在可以标记成千上万个单个细胞位置的多路复用条形码策略可行之前,将少量细胞的数据粗略地整合到构成***的巨大背景中,可能具有一定价值。基于图像的原位转录组学:基于图像的原位转录组学在很大程度上增加了可检测区域,但也存在一些问题,例如几种smFISH方法很难从包括信号干扰、转录本积累等复杂背景中提取单个细胞。空间条形码加高通量:费用较高且无法在单个细胞中获得转录组。黑龙江应用空间转录组空间转录组学技术主要包括 MERFISH 和 seqFISH。
空间转录组是在组织原位检测基因表达的一种技术,与bulk RNA-seq或单细胞转录组测序相比,空间转录组避免了组织中细胞位置信息的丢失,使得我们在检测基因表达的同时获得基因在组织内部的空间位置信息。正是由于空间转录组可以从多维度解析生物学过程的特点,近年来关于空间转录组无论是在技术开发,还是大规模应用或商业化,都得到蓬勃发展。例如2019年4月,Science发文通过空间转录组揭示ALS(肌萎缩侧索硬化症,又称渐冻症)分子病理的时空动态;2019年8月,Nature在线发表了景乃禾团队解析小鼠早期胚胎细胞的时空表达数据;2020年9月,Cell上发表了一篇利用空间转录组解析人鳞状细胞*的文章;2021年1月,Science发表了将组织扩展和原位RNA测序结合起来的新型空间转录组技术ExSeq;2021年4月,10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空间转录组商业化解决方案。
Visium空间转录组能够做何种组织类型以及推荐切片厚度是什么?10X Genomics测试过很多组织类型,绝大多数都可以用于空间转录组的分析。下图是他们官网上测试过的组织类型的列表,测试过的组织都可以运用在空间转录组的分析上面。但建议用户用基因表达玻片做正式实验前,务必用组织优化的玻片测试一下,看组织能否用于空间转录组的实验,同时也找到比较好的组织通透时间。切片厚度基本上以10μm为主,但也有少量组织例外。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。空间转录组的组学板块包括cDNA的合成、扩增、接头连接和测序,记录切片的转录本信息和空间位置信息 。
10x Genomics 公司提供的 Visium 空间基因表达解决方案是目前***一个高通量空间转录组的商业化解决方案。该解决方案巧妙的将单细胞测序技术原理和组织切片染色结合在一起,从而研究空间分辨率下整个转录组 mRNA 的表达情况,同时在同一组织切片中获得组织学相关信息。空间转录组相关的显微解剖技术通常分为两类:机械和光学。前者包括 Tomo-seq 等,通过沿感兴趣轴,利用冷冻切片机进行组织切片,然后在每个切片上均进行 RNA 测序。10x 提供的载玻片分为两种:用于摸索组织比较好透化时间的组织优化玻片和用于正式实验的基因表达玻片。该类工具的开发将简化不同类型空间转录组学数据的整合和分析。重庆空间转录组规格
空间转录组是一种用于从空间层面上解析RNA-seq数据的技术,从而解析单个组织切片中的所有mRNA。山东欧易生物空间转录组报价
空间转录组学(ST)是一种方法,允许在组织样本中可视化和定量分析转录组与空间分辨率。通过在载玻片上排列含有位置条形码的寡核苷酸的组织切片,该方法声称可以生成具有精确位置信息的高质量的RNA-seq cDNA文库。条形码芯片有1007个带有独特条形码序列的引物位点。每个位置都有一个直径100μm(对应于一个组织域)中心到中心的距离是200μm。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,在空间转录组样本处理、实验和数据挖掘上的成功经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。山东欧易生物空间转录组报价
上海欧易生物医学科技有限公司一直专注于检验检测服务。(依法须经批准的项目,经相关部门批准后方可开展经营活动,具体经营项目以相关部门批准文件或许可证件为准)一般项目:生物医药产品、生化产品的研发,医药中间体、化工原料及产品(除危险品化学品、监控化学品、易制毒化学品)的研发、销售,仪器仪表的销售,并提供相关技术咨询、技术服务,会务服务,企业管理咨询。,是一家医药健康的企业,拥有自己**的技术体系。公司目前拥有较多的高技术人才,以不断增强企业重点竞争力,加快企业技术创新,实现稳健生产经营。诚实、守信是对企业的经营要求,也是我们做人的基本准则。公司致力于打造***的科研服务,科研检测,学术研究,技术咨询。公司深耕科研服务,科研检测,学术研究,技术咨询,正积蓄着更大的能量,向更广阔的空间、更宽泛的领域拓展。