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重庆生物技术空间转录组

来源: 发布时间:2021-12-07

欧易生物自引进10x Visium空间转录组以来已经完成了上百例样本测序,在样本包埋、切片、实验和数据分析上积累了大量宝贵的经验。本次培训班旨在跟广大科研工作者介绍空间转录组的研究热点和方案设计,分享欧易生物在样本处理、实验和数据挖掘上的成功经验,助力各位科研工作者取得新的突破。招生对象:A、对空间转录组感兴趣,期望了解空间转录组技术,或近期准备开展空间转录组测序项目B、项目已经开展,需要深入挖掘数据的科研工作者。10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空间转录组商业化解决方案。重庆生物技术空间转录组

10x Genomics空间转录组的实现原理是什么?10x Genomics空间转录组用于文库构建的每张载玻片上有四个捕获区域,每个捕获区域的大小为6.5x6.5mm,包含5000个被条形码标记的点(barcoded spots),每个点的直径为55 μm,点和点之间中心的距离为100 μm,并且每个点都有一个barcode序列。组织切片的细胞中会释放出mRNA,迁移到每个spot的mRNA会被标记上相应的barcode序列,然后进行文库构建并进行测序。根据数据的条形码信息对数据进行分析,以确定哪些数据来自哪个位置,从而实现空间基因表达的可视化。 安徽欧易生物空间转录组报价有很多其他类型的分析可用于空间转录组学数据,包括基因模式的识别,空间区域的转录组定义等。

10xVisium空间转录组技术原理为将新鲜冷冻的组织切片,置于文库制备载玻片上,经过固定、染色和透化后,释放出mRNA,mRNA与空间条形码捕获探针相结合,从而捕获基因表达信息。然后将捕获的mRNA合成cDNA并制备测序文库进行测序,并对数据进行可视化分析??占渥甲榧际踝魑苯?*前沿的科研技术,相信很多老师都希望将其运用于自己的课题中,快速发表高分文章。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。

许多当前时代空间转录组技术的基础都是在自七十年代以来的几十年间建立的。例如,于1976 年首先使用紫外线激光来切割组织。当前流行的技术,例如空间转录组学(ST)和 10X Visium 依靠这种微阵列技术,区别就在于是从放置在微阵列载玻片上的组织上而不是从溶液中来捕获转录本信息。当前时代的空间转录组技术大致分为五类方向:激光显微切割(LCM),单分子荧光原位杂交(smFISH),靶向原位测序(ISS),原位阵列捕获和 其他非成像技术。空间转录组组织学板块包括样品的包埋、切片、固定、染色及成像,记录切片的形态学信息。

空间转录组的方法和技术有哪些?广义上讲,现有的生成空间分辨转录组学的方法可分为四类:用于空间重建的计算策略和组学实验的组合,使用激光捕获显微切割(LCM)结合高通量进行直接测量,使用荧光物质的基于图像的原位转录组学 ,以及基于寡核苷酸的空间条形码再加上高通量。每种方法都有其优点和缺点。空间重构的计算策略:这种计算方法可以充分利用内在基因表达模式或共表达的趋势,从单个细胞的大量转录组数据中重构细胞间的环境。然而,这些推论方法在某些情况下*呈现空间趋势或特定组织的总体布局。基于LCM的方法:基于LCM的转录组学或基因组学成功地获得了单个细胞的空间转录组,尽管其通量很低,但是在可以标记成千上万个单个细胞位置的多路复用条形码策略可行之前,将少量细胞的数据粗略地整合到构成***的巨大背景中,可能具有一定价值。基于图像的原位转录组学:基于图像的原位转录组学在很大程度上增加了可检测区域,但也存在一些问题,例如几种smFISH方法很难从包括信号干扰、转录本积累等复杂背景中提取单个细胞。空间条形码加高通量:费用较高且无法在单个细胞中获得转录组??占渥甲檠Ъ际踔饕?MERFISH 和 seqFISH。青海应用空间转录组

只听名字就想尝试,不清楚空间转录组的原理及通过该技术究竟能拿到什么结果。重庆生物技术空间转录组

1. 10x  Genomics空间转录组用于文库构建的每张载玻片上有四个捕获区域,每个捕获区域的大小为6.5x6.5mm,包含5000个被条形码标记的点(barcoded spots),每个点的直径为55 μm,点和点之间中心的距离为100 μm,并且每个点都有一个barcode序列。10X Visium空间转录组的实验主要分为两部分:组织学板块和组学板块。组织学板块包括样品的包埋、切片、固定、染色及成像,记录切片的形态学信息;组学板块包括cDNA的合成、扩增、接头连接和测序,记录切片的转录本信息和空间位置信息 。重庆生物技术空间转录组

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