和单细胞转录组一样，空间转录组也可以进行细胞间通讯分析，区别在于空间位置信息可以同时用于识别潜在的细胞间相互作用。通常通过了解配体受体（LR）对并测试 LR 对是否更有可能在邻近细胞或 spot 中表达来完成?；褂泻芏嗥渌嘈偷姆治隹捎糜诳占渥甲檠?，包括基因模式的识别，空间区域的转录组定义， 基因间的相互作用推断，转录本的亚细胞定位以及基于H＆E图像的基因表达估算等。1. 欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验，致力通过质量的服务，助力各位科研工作者取得新的突破。scRNA-seq 技术的进步启发了利用高分辨率转录组定量分析与空间转录组学数据的互补性质的新方法。重庆品质空间转录组

空间转录组技术原理是什么？当组织冷冻切片附在空间转录组载片上时，条形码引物结合并从组织中捕获邻近的mRNA。被捕获的mRNA开始逆转录，得到的cDNA中包含了空间条形码。分析Illumina测序结果中空间条形码的序列，可以将每个mRNA转录的序列映射回组织切片中的起始位置?？占渥甲榈奶跣温肽孀紀ligo(dT)引物在显微镜载玻片表面的有序附着，空间转录组使得在mRNA样品处理和后续测序过程中位置信息的编码和获取成为可能。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验，致力通过质量的服务，助力各位科研工作者取得新的突破。湖北空间转录组价格空间转录组是一种用于从空间层面上解析RNA-seq数据的技术，从而解析单个组织切片中的所有mRNA。

本文利用空间转录组学研究了在AD小鼠模型中，淀粉样斑块周围直径为100mm的组织域中发生的转录变化。发现了富含髓鞘和少突胶质细胞基因（OLIGs）的基因共表达网络的早期改变，而斑块诱导的基因（PIGs）的多细胞基因共表达网络涉及补体系统、氧化应激、溶酶体和炎症，在疾病的后期非常突出。此外作者通过对小鼠和人脑切片进行原位测序（ISS），证实了大多数观察到的细胞水平的变化?？占渥甲檠Х治鑫骄緼D和其他脑部疾病致病特征附近失调的细胞网络提供了可能。

当前的技术主要有四种策略：1、基于组学实验结合空间重建的计算策略。这种计算方法可以充分利用内在基因表达模式或共表达的趋势，从单个细胞的大量转录组数据中重构细胞间的环境。然而，这些推论方法在某些情况下*呈现空间趋势或特定组织的总体布局。2、激光切割与NGS测序结合的策略?；贚CM的转录组学或基因组学成功地获得了单个细胞的空间转录组，尽管其通量很低，但是在可以标记成千上万个单个细胞位置的多路复用条形码策略可行之前，将少量细胞的数据粗略地整合到构成***的巨大背景中，可能具有一定价值。3、基于荧光物质原位的转录组学?；谕枷竦脑蛔甲檠г诤艽蟪潭壬显黾恿丝杉觳馇?，但也存在一些问题，例如几种smFISH方法很难从包括信号干扰、转录本积累等复杂背景中提取单个细胞。4、基于寡核苷酸的空间条码加上NGS测序。费用较高且无法在单个细胞中获得转录组?？占渥甲橄赴ㄑ斗治龇椒蚪榧笆挡?。

空间转录组是在组织原位检测基因表达的一种技术，与bulk RNA-seq或单细胞转录组测序相比，空间转录组避免了组织中细胞位置信息的丢失，使得我们在检测基因表达的同时获得基因在组织内部的空间位置信息。已发表的关于空间转录组技术有Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq。这些方法或是在细胞数量上限制较大，或是存在有效测序深度不足等问题。正是由于空间转录组可以从多维度解析生物学过程的特点，近年来关于空间转录组无论是在技术开发，还是大规模应用或商业化，都得到蓬勃发展。

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空间转录组的方法和技术有哪些？广义上讲，现有的生成空间分辨转录组学的方法可分为四类：用于空间重建的计算策略和组学实验的组合，使用激光捕获显微切割（LCM）结合高通量进行直接测量，使用荧光物质的基于图像的原位转录组学 ，以及基于寡核苷酸的空间条形码再加上高通量。每种方法都有其优点和缺点?？占渲毓沟募扑悴呗裕赫庵旨扑惴椒梢猿浞掷媚谠诨虮泶锬Ｊ交蚬脖泶锏那魇?，从单个细胞的大量转录组数据中重构细胞间的环境。然而，这些推论方法在某些情况下*呈现空间趋势或特定组织的总体布局?；贚CM的方法：基于LCM的转录组学或基因组学成功地获得了单个细胞的空间转录组，尽管其通量很低，但是在可以标记成千上万个单个细胞位置的多路复用条形码策略可行之前，将少量细胞的数据粗略地整合到构成***的巨大背景中，可能具有一定价值。基于图像的原位转录组学：基于图像的原位转录组学在很大程度上增加了可检测区域，但也存在一些问题，例如几种smFISH方法很难从包括信号干扰、转录本积累等复杂背景中提取单个细胞。空间条形码加高通量：费用较高且无法在单个细胞中获得转录组。重庆品质空间转录组

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