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广东空间转录组使用

来源: 发布时间:2021-11-24

人类细胞图谱项目的主要目标之一是描述所有细胞类型的空间关系。同时基于表达特征对多种细胞类型进行空间映射,有助于研究不同细胞类型之间的相互作用。已经发展了一些策略来检测单细胞分辨率的空间基因表达谱,如Slide-seq、seqFISH或MERFISH。为了更有效地为研究群体探索空间基因表达数据,我们构建了SpatialDB数据库用于空间解析的转录组。

人类细胞图谱项目极大地推动了单细胞水平的生命科学研究。空间转录组学技术的发展和空间基因表达数据的快速积累是未来的发展趋势。我们将继续收集新的技术和数据集来更新SpatialDB。此外,我们将整合更多的工具和数据源来分析数据. Cell上发表了一篇利用空间转录组解析人鳞状细胞*的文章。广东空间转录组使用

1. 空间转录组是一种用于从空间层面上解析RNA-seq数据的技术,从而解析单个组织切片中的所有mRNA。空间转录组的条形码逆转录oligo(dT)引物在显微镜载玻片表面的有序附着,空间转录组使得在mRNA样品处理和后续测序过程中位置信息的编码和获取成为可能。单细胞RNA测序或组织样本RNA测序,均无法为研究人员提供精确的空间信息。通过空间转录组技术可获取组织中具体的位置的转录信息,为研究和诊断提供有效数据支撑。10x Genomics空间转录组技术可以应用于免疫、发育、神经和病理等研究方向。四川10x空间转录组空间转录组避免了组织中细胞位置信息的丢失。

单细胞转录组测序技术的如火如荼,伴随着空间转录组测序技术的蓬勃发展,可以看到,在现有的高通量检测技术领域,这两种技术已为科学研究的发展提供了前所未有的技术支撑。从2019年单细胞多组学被评为《Nature Methods》年度技术进展,到2020年空间转录组技术也被评为年度技术进展,相信在接下来的时间里,单细胞转录组和空间转录组将为生命科学的发展做出极其重要的贡献。单细胞转录组测序技术的特点在于提供详实的每个细胞的转录表达信息,但是缺失了来源组织的空间组成信息。现有商用空间转录组测序技术的特点在于提供了完整的组织空间位置信息,但是每个捕获spot的信息无法达到单细胞分辨率(10个左右细胞)。因此,这两个技术的存在是天然互补的,而将两者的结合也是水到渠成,完美结合。

高通量空间转录组学数据的处理和分析需要新颖的方法和工具支撑,尤其是在预处理、scRNA-seq 数据的空间重构、基于微阵列数据的细胞类型去卷积、空间高变基因的识别、细胞间相互作用的推导等。scRNA-seq 技术的进步启发了利用高分辨率转录组定量分析与空间转录组学数据的互补性质的新方法。对于未进行转录组测序的 smFISH 和 ISS 数据,可通过 scRNA-seq 数据估算空间数据中未分析的基因的表达模式。此外,“空间转录组学”这一术语的变体,也用于描述将转录本定位到细胞器的技术(例如 APEX-seq),尽管该技术没有记录任何空间坐标。除大脑以外的其他***的技术现代化,将为开发有用的空间转录组学地图集提供广阔的前景。

一些实现空间转录组学的重要技术,**早可以追溯到二十世纪七十年代,长期以来,各种形式的原位杂交技术(ISH)已用于可视化空间中的基因表达。从技术原理中不难看出,空间转录组技术**为特殊的载玻片。ISS 方法通常通过基于连接(SBL)或者基于合成(SBS) 的原位测序, 确定靶向基因序列或非靶向的 cDNA 短片段,**终获得空间转录组信息。根据测序链接策略的不同(SOLiD,cPAL和SEDAL),基于 SBL 的原位测序技术方法的代表性技术分别为 FISSEQ,ISS,STARmap。转录本的空间位置信息可以通过在原位阵列上捕获的组织切片中的转录本来获取,?如空间转录组技术。湖北欧易生物空间转录组使用

空间转录组测序技术在进行 HE 染色的同时需要保证获取组织基因表达信息。广东空间转录组使用

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