什么是空间转录组?空间转录组是一种用于从空间层面上解析RNA-seq数据的技术,从而解析单个组织切片中的所有mRNA。空间条形码逆转录oligo(dT)引物在显微镜载玻片表面的有序附着,使得在mRNA样品处理和后续测序过程中位置信息的编码和获取成为可能。单细胞RNA测序或组织样本RNA测序,均无法为研究人员提供精确的空间信息。通过空间转录组技术可获取组织中具体的位置的转录信息,为研究和诊断提供有效数据支撑。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。空间转录组测序结果为未来人类心脏发育的研究提供重要的借鉴意义。应用空间转录组使用
早期空间转录组学的另一条发展路线是基因捕获和增强子捕获筛选,开发于二十世纪八十年代,当时 DNA 测序通量正在增加,动物基因组是新开放的前沿领域。果蝇和小鼠的筛选是在八十年代后期进行的,目的是观察未靶向且通常未知的基因表达情况。随着通量的增加,增强子和基因捕获技术在九十年代成为空间转录组学的技术,直到 WMISH 在九十年代后期兴起。WMISH 技术的自动化程度较高,避免了对转基因品系的依赖,同时由于在二十一世纪初获得物种的参考基因组信息变得越来越便利,探针设计因此也更为方便。江苏欧易生物空间转录组如何通过“HE染色”判断空间转录组项目样本是否为“好的样本”呢?
空间转录组技术原理是什么?当组织冷冻切片附在空间转录组载片上时,条形码引物结合并从组织中捕获邻近的mRNA。被捕获的mRNA开始逆转录,得到的cDNA中包含了空间条形码。分析Illumina测序结果中空间条形码的序列,可以将每个mRNA转录的序列映射回组织切片中的起始位置。空间转录组的条形码逆转录oligo(dT)引物在显微镜载玻片表面的有序附着,空间转录组使得在mRNA样品处理和后续测序过程中位置信息的编码和获取成为可能。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。
空间转录组技术作为当今前沿的科研技术,相信很多老师都希望将其运用于自己的课题中,快速发表高分文章。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。由上海欧易生物医学科技有限公司(以下简称“欧易生物”)主办的“空间转录组学培训班”落下帷幕。培训中,欧易讲师团队以其丰富的项目经验及专业的生信能力,从空间转录组学的发展历程、测序原理、实验实操及数据挖掘等多维度,向远道而来的学员们展开了系统性的培训。
空间转录组避免了组织中细胞位置信息的丢失。
1. 空间转录组是一种用于从空间层面上解析RNA-seq数据的技术,从而解析单个组织切片中的所有mRNA。空间转录组的条形码逆转录oligo(dT)引物在显微镜载玻片表面的有序附着,空间转录组使得在mRNA样品处理和后续测序过程中位置信息的编码和获取成为可能。单细胞RNA测序或组织样本RNA测序,均无法为研究人员提供精确的空间信息。通过空间转录组技术可获取组织中具体的位置的转录信息,为研究和诊断提供有效数据支撑。10x Genomics空间转录组技术可以应用于免疫、发育、神经和病理等研究方向。过真实研究案例聚焦包括单细胞转录组、单细胞基因组、单细胞代谢组、空间转录组。江苏空间转录组价格
空间转录组是一项前沿技术,涉及到很多细节方面的准备工作。应用空间转录组使用
空间转录组技术包含两种芯片,分别为组织优化芯片(Tissue Optimization)和基因表达芯片(Library Preparation)。组织优化芯片用来摸索组织透化的比较好时间,基因表达芯片用来进行正式样本的空间转录组实验。其中基因表达芯片上有 4 个捕获区域,每个区域大小为 6.5mm×6.5mm,每个捕获区域中有 5000 个带有特异地址序列的探针簇,称为 barcoded spots,每个 spot 直径为 55um,包含数百万个用于捕获的 oligo 探针序列,相邻两个 spot 的中心距离为 100um。探针序列的结构为:测序引物结合序列,16nt 的位置序列,12nt 的 UMI 序列以及 30nt 的 oligo-dT 序列。应用空间转录组使用
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