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湖北应用空间转录组

来源: 发布时间:2021-11-02

10x Genomics空间转录组的实现原理是什么?10x Genomics空间转录组用于文库构建的每张载玻片上有四个捕获区域,每个捕获区域的大小为6.5x6.5mm,包含5000个被条形码标记的点(barcoded spots),每个点的直径为55 μm,点和点之间中心的距离为100 μm,并且每个点都有一个barcode序列。组织切片的细胞中会释放出mRNA,迁移到每个spot的mRNA会被标记上相应的barcode序列,然后进行文库构建并进行测序。根据数据的条形码信息对数据进行分析,以确定哪些数据来自哪个位置,从而实现空间基因表达的可视化。 10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空间转录组商业化解决方案。湖北应用空间转录组

1. 空间转录组是一种用于从空间层面上解析RNA-seq数据的技术,从而解析单个组织切片中的所有mRNA??占渥甲榈奶跣温肽孀紀ligo(dT)引物在显微镜载玻片表面的有序附着,空间转录组使得在mRNA样品处理和后续测序过程中位置信息的编码和获取成为可能。单细胞RNA测序或组织样本RNA测序,均无法为研究人员提供精确的空间信息。通过空间转录组技术可获取组织中具体的位置的转录信息,为研究和诊断提供有效数据支撑。10x Genomics空间转录组技术可以应用于免疫、发育、神经和病理等研究方向。广西运用空间转录组空间转录组细胞通讯分析方法简介及实操。

Visium空间转录组能够做何种组织类型以及推荐切片厚度是什么?10X Genomics测试过很多组织类型,绝大多数都可以用于空间转录组的分析。下图是他们官网上测试过的组织类型的列表,测试过的组织都可以运用在空间转录组的分析上面。但建议用户用基因表达玻片做正式实验前,务必用组织优化的玻片测试一下,看组织能否用于空间转录组的实验,同时也找到比较好的组织通透时间。切片厚度基本上以10μm为主,但也有少量组织例外。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。

基于原位测序的空间转录组技术?;谠徊庑颍↖SS)的方法通过测序产生空间转录组信息,这种方法只依靠连接酶连接两段DNA—一段已知序列的引物和一个探针与模板匹配,不匹配的探针就会被洗掉。2013年开发的ISS中,每个探针使用一个查询碱基来测序基因条形码。FISSEQ和后来的EXeq使用了SOLiD,每个探针使用两个查询碱基来测序环化和RCA扩增的cDNAs。在STARmap中,基因条形码由SEDAL测序,其中还使用了两个类似固体的查询碱基来避免错误。BARseq还用基因条形码放大了RCA探针?;贗SS技术的优势包括:单细胞分辨率、亚细胞转录物定位和可应用于更大的组织区域。缺点是:检测效率较低??占渥甲椴庑蚪峁蠢慈死嘈脑喾⒂难芯刻峁┲匾慕杓庖?。

高通量空间转录组学数据的处理和分析需要新颖的方法和工具支撑,尤其是在预处理、scRNA-seq 数据的空间重构、基于微阵列数据的细胞类型去卷积、空间高变基因的识别、细胞间相互作用的推导等。scRNA-seq 技术的进步启发了利用高分辨率转录组定量分析与空间转录组学数据的互补性质的新方法。对于未进行转录组测序的 smFISH 和 ISS 数据,可通过 scRNA-seq 数据估算空间数据中未分析的基因的表达模式。此外,“空间转录组学”这一术语的变体,也用于描述将转录本定位到细胞器的技术(例如 APEX-seq),尽管该技术没有记录任何空间坐标。10X Visium空间转录组的实验主要分为两部分:组织学板块和组学板块。发展空间转录组报价

10X Genomics 继单细胞测序后也推出了空间转录组测序技术。湖北应用空间转录组

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