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山西空间代谢组学公司

来源: 发布时间:2022-09-05

质谱成像(Mass Spectrometry Imaging, MSI)作为一种新型的分子影像技术,能够直接从生物组织中获得大量已知或未知的内源性代谢物和外源***物等分子的结构、含量和空间分布信息。相对于其他成像方法(如荧光成像、放射性标记成像等),该技术无需化学或放射性标记、不需复杂样品前处理,具有高特异性、高通量和空间信息保留的突出优势。质谱成像技术可以实现生物组织中上千代谢物的定性、定量和定位分析,结合生物信息学分析,发展为空间代谢组学方法,可从生物组织原位发现差异代谢物,并识别其生物学功能。空间代谢组学,代谢组数据如何分析。山西空间代谢组学公司

在空间上的代谢变化表明,在东莨菪碱***后,大鼠脑微区的代谢网络发生紊乱。但是代谢物和代谢酶是代谢网络的关键因素,基于空间分辨的代谢组学信息为发现酶或基因异常提供了线索,但若要完成完整的代谢网络分析必须进一步验证蛋白质和基因表达水平。本文作者开发了一种空间分辨代谢网络作图方法,通过无需衍生化、特定标记或复杂样品预处理的高通量AFADESI-MSI方法和代谢组学策略,在具有复杂结构化脑组织中发现代谢分子变化。能检测出多种极性内源性代谢物,并绘制相关代谢网络,提供组织微区分布的图谱。还将多种功能性小分子(例如核苷酸、多胺、肌酸、神经酰胺代谢物)含量分布可视化。山西空间代谢组学公司空间代谢组学:一种高灵敏、高覆盖质谱成像技术新技术。

通过空间代谢组学测量了四种转基因小鼠模型(肺*(LC)、RCC、HCC和T-ALL)中甘油磷脂(GPs)的含量,发现在不同的**中,MYC诱导改变了磷酸酰甘油(PGs)的丰度(图 4A),能够增加了大多数PG物质。MYC失活后,PG丰度恢复到基础水平(图 4B)。PGs由磷脂酸(PA)通过向3-磷酸甘油中添加两种FA形成,因此,PG诱导可以建立在MYC促进的FA增加的基础上。然而,在体内PGs相对于其他GPs的相对优先合成,这意味着MYC有除FA合成之外的其他方式调节脂肪生成。

空间代谢组学能够在复杂的EA微环境中区分组织类型,本文作者使用两个队列对食管腺*的甘油磷脂特征进行了表征。**初运用空间代谢组学对连续患者的成对手术切除活检(EA和MHEE)进行甘油磷脂差异分析;(样本策略)选择这种取样方法的目的是为了进行手术切缘分析,并通过取样更大的样本来克服**的区域代谢组学差异。接下来,采用内窥镜活检对第二组人群进行采样。这样就可以从健康的志愿者和Barrett化***育不良的患者身上获得标本。这样还使作者能够验证***个队列的发现,调查该技术在小样本上的表现,并演示在内镜套件中促进诊断的第二次临床应用。空间代谢组具有覆盖范围广,灵敏度高,动态范围宽。

空间代谢组学研究作者对P493-6B细胞淋巴瘤系(BCL)进行了全基因组表达谱、核突变和ChIP分析,发现MYC诱导增加了包括ACLY、ACACA、FASN和SCD1及其相关蛋白在内的脂肪酸(FA)合成基因的mRNA表达,在MYC诱导的肝细胞*(HCC)、急性白血病(T-ALL)和肾细胞*(RCC)的三种体内转基因小鼠模型中也有类似表达。还发现MYC与这些FA合成基因的启动子结合并启动mRNA转录,如甲羟戊酸和胆固醇途径基因的启动子。为了了解MYC和SREBP1之间的相互作用,作者首先,对这两种蛋白进行ChIP和re-ChIP分析,证明MYC和SREBP1都可以发现与FA合成基因启动子中的相同DNA分子结合(图1)。SREBP1的敲低也降低了FA合成基因的表达,但不降低MYC基因的表达。其次,ChIP的MYC与启动子结合,不仅调节FA合成基因的表达,还调节糖酵解和谷氨酰胺分解基因的表达。因此,MYC似乎会依次调节参与脂质合成的基因:首先诱导葡萄糖和谷氨酰胺,然后诱导FA合成相关基因。通过RNA测序(RNA-seq)发现,增加MYC水平会引起糖酵解、谷氨酰胺分解和FA合成。蛋白质组学的研究方法。山西空间代谢组学公司

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