单细胞转录组测序(Single-cell RNA-sequencing, scRNA-seq) 是在单个细胞水平对mRNA 进行高通量测序的一项新技术，其原理是将多细胞生物分离的单个细胞中微量的转录组mRNA 通过高效扩增后再进行高通量测序。单细胞转录组测序能够有效解决组织样本无法**的细胞异质性难题以及常规RNA-seq 被掩盖的细胞群内的转录组异质性难题，有助于发现新的稀有细胞类型，并深入了解发育过程中的表达调控机制。近年来，已有多种单细胞测序技术及平台应用而生。其中，基于微流控技术的平台通量有限，基于板型技术的平台有耗时的荧光***细胞分选过程，近来基于液滴技术的平台的10xGenomics 凭借其单次成千上万的细胞通量、周期短及成本低成为目前主流的单细胞转录组测序平台。研究对象的“基本属性”决定了单细胞高通量技术是目前我们解析各种生命现象、揭示生物学机制的技术手段。专注单细胞测序

2021年12月，南京农业大学动物医学学院杨倩教授及生命科学学院林建副教授，于Cell＆Bioscience(IF:7.133) 在线发表了IBDV ***鸡法氏囊的单细胞测序的***研究成果。研究工作内容的主要承担者为Abid Ullah Shah博士。欧易生物提供高通量单细胞转录组测序（10x Genoimics单细胞转录组测序）技术支持。该研究从鸡传染性法氏囊病毒的鼻腔***入手，一方面***阐述了IBDV 通过鸡鼻腔传播至法氏囊的传播途径及病毒***主要靶细胞；另一方面，研究初步阐明家禽细胞应用RNAi抵抗IBDV的分子机制，为高效防控家禽RNA病毒奠定理论基础。天津介绍单细胞测序销售价格单细胞测序业务已成为这些公司业务的重要组成部分，单细胞业务占比也逐年提升。

欧易单细胞测序继续发力！近日，欧易生物合作客户复旦大学附属中山医院王群教授团队在EBioMedicine（IF8.143）期刊发表的关于食管鳞状细胞*（ESCC）分子图谱的相关成果，对食管鳞状细胞*的异质性和**微环境进行深入的分析并提出了食管鳞状细胞****的潜在靶点。欧易生物提供了该项目单细胞转录组测序相关。欢迎有意向开展单细胞测序研究的老师们向我们咨询沟通单细胞相关问题。

工作材料：5个**组织和5个配对正常组织

期刊：EBioMedicine

发表时间：2021年6月27日

方法：欧易生物10xGenomicsscRNA-seq

单细胞全基因组测序技术是在单细胞水平对全基因组进行扩增与测序的一项新技术。其原理是将分离的单个细胞的微量全基因组DNA进行扩增，获得高覆盖率的完整的基因组之后通过外显子捕获进而高通量测序用于揭示细胞群体差异和细胞进化关系。全基因组扩增技术主要分为两种类型：一是基于热循环以PCR为基础的扩增技术，如简并寡核苷酸引物PCR (DOP-PCR)、连接反应介导的PCR (LM-PCR)、扩增前引物延伸反应 (PEP)等；一是基于等温反应不以PCR为基础的扩增技术，如多重置换扩增 (MDA) 和基于引物酶的全基因组扩增 (pWGA)。单细胞蛋白组和代谢组受制于质谱仪器的灵敏度，目前还存在一定的难度。

单细胞悬液制备难于标准化。

基于酶学的样本处理方法，大都会存在一定程度的解离偏好性，即不同的酶处理不同的组织往往会有不太一样的「效果」，而这种效果不仅*反应在细胞得率，细胞活性和细胞碎片等参数上，往往也会在**终细胞类型有所反映，比如可能会导致部分稀有细胞的丢失，细胞比例的失真等，从而偏离组织的真实状态。另外，细胞悬液的制备过程较长，通常需要3-5小时，这个过程会导致细胞处于「应激状态」中，转录的过程可能已经发生变化，偏离临床实验的终点设计，会对结果的判断造成一定的影响。针对如上问题，欧易团队从已发表的高影响力的文献中，汇总出针对不同类型组织的处理方法，确保实验结果与文献并轨（同频）。对于应激问题，我们也开发出了低温解离方法，使样本始终处于「休眠」状态，从而保证了样本符合临床取样终点，还原其生物学的真实状态。另外细胞核测序也是一个替代的选择，对样本的要求较低，可以解锁大量临床信息明确、低温冷冻的标本。细胞核制备也不依赖于酶学，全程在低温环境，也能真实还原样本的临床状态。欧易在细胞核测序的核悬液准备上积累了很多经验。 我们将持续加大单细胞测序相关的研发投入，从样本的处理优化到多组合标签技术的开发应用等。推荐单细胞测序活动

利用单细胞测序技术全球的科研人员从“异质性”的角度在不同研究领域进行深入挖掘，获得众多新发现。专注单细胞测序

h5Seurat 文件格式是专门为存储和分析多模态单细胞和空间表达数据而设计的，比如 CITE-seq 或 10X Visium 技术。它能够保存所有分子信息和相关描述的数据，包括降维信息、空间坐标以及细胞群标签等。HDF  是用于存储和分发科学数据的一种自我描述、多对象文件格式。HDF  由美国国家超级计算应用中心（NCSA）创建，以满足不同群体的科学家在不同工程项目领域之需要。后来由一个非盈利组织 HDF Group 支持，其版本包括了 HDF4 和现在大量使用的 HDF5。专注单细胞测序

上海欧易生物医学科技有限公司致力于医药健康，是一家服务型公司。欧易生物致力于为客户提供良好的科研服务，科研检测，学术研究，技术咨询，一切以用户需求为中心，深受广大客户的欢迎。公司将不断增强企业重点竞争力，努力学习行业知识，遵守行业规范，植根于医药健康行业的发展。在社会各界的鼎力支持下，持续创新，不断铸造高质量服务体验，为客户成功提供坚实有力的支持。