TMT标记定量蛋白质组学研究案例：2021年12月威尔康奈尔医学中心和纪念斯隆凯特琳**中心的Linda T. Vahdat 和 Vivek Mittal教授课题组在Nature Communications期刊发表的题为 “Copper depletion modulates mitochondrial oxidative phosphorylation to impair triple negative breast cancer metastasis”的研究成果，通过蛋白质组学和代谢组学研究方法，发现了高度转移性 SOX2/OCT4+ 细胞的离散亚群表现出细胞内铜水平升高特征，探究了TM 介导的复合物 IV 失活确定为 SOX2/OCT4+ 细胞群中的主要代谢缺陷，AMPK/mTORC1 能量传感器为重要的下游途径。描绘了铜-代谢-转移轴，为高风险三阴性乳腺*患者的下一代治疗方法提供了理论依据。中文标题：铜耗竭调节线粒体氧化磷酸化以损害三阴性乳腺*转移研究对象：高风险三阴性乳腺*(TNBC)发表期刊：NatureCommunications影响因子：14.919发表时间：2021年12月合作单位：纪念斯隆凯特琳**中心，Sandra和EdwardMeyer**中心运用关键生物技术：TMT标记定量蛋白质组学和靶向代谢组学label free蛋白组学蛋白质组学原理。浙江清华大学 蛋白组学
随着质谱技术的飞速发展，特别是离子淌度的引入，增加了一个新的分离维度，将蛋白质组研究推进到全新的“4D蛋白质组”层面，打破了基于质谱的蛋白质组学研究的瓶颈，大幅度的提高扫描速度和检测灵敏度，带来蛋白质组学在鉴定深度、检测周期、定量准确性等性能的***提升，可以更好的解决大队列、复杂体系以及微量样本的检测。相比于timsTOF Pro，timsTOF Pro 2 配备了***一代双TIMS分析器，离子容量可提高三倍。经过简化的离子透镜比较大限度地提高了离子传输效率和灵敏度，为4D-多组学建立了新的标准。CCS 值的加入让组学结果更精细，也使timsTOF Pro 2成为转化组学应用不可或缺的工具。timsTOF Pro 2 能够实现少量细胞群或生物穿刺样本等低样本量的蛋白组定量分析以及磷酸化蛋白质组学分析，在短梯度下实现蛋白深度覆盖。辽宁质谱的蛋白组学扎根蛋白组学临床科研基础研究领域,多年项目服务经验。
2022年2月，亚特兰大埃默里大学医学院的Erik C. B. Johnson课题组在Nature neuroscience发表了题为 “Large-scale deep multi-layer analysis of Alzheimer’s disease brain reveals strong proteomic disease-related changes not observed at the RNA level”的研究成果，通过基因组学、转录组学、TMT标记定量蛋白质组学、代谢组学的研究方法，揭示了新的与AD相关的蛋白共表达?？?，部分?？樵赗NA的网络中不存在。这为开发疾病***的潜在靶点提供依据，为临床的蛋白质组研究提供重要价值。
通过蛋白质组学+转录组学研究方法，发现大黄素引发外泌体通过抑制代谢通路来减少肺泡巨噬细胞的活化和改善肺部炎症的特征，探究了外泌体在参与炎症相关***损伤中的重要作用，为大黄素可以通过减少胰腺外泌体介导的肺泡巨噬细胞活化来减轻严重急性胰腺炎相关的急性肺损伤提供依据。中文标题：大黄素通过抑制胰腺外泌体介导的肺泡巨噬细胞活化减轻严重急性胰腺炎相关的急性肺损伤研究对象：大鼠血浆外泌体发表期刊：ActaPharmaceuticaSinicaB影响因子：11.413发表时间：2021年10月合作单位：四川大学华西医院运用生物技术：TMT标记定量蛋白组学（由欧易/鹿明生物提供技术支持）、转录组学蛋白质组学多组学分析蛋白质组学研究进展。
本研究采用串联质量标签（TMT）标记的蛋白质组学和平行反应监测（PRM）技术，对莲子脱水过程中的生理调控网络进行了深入研究表明，碳水化合物代谢（包括糖酵解/糖异成、半乳糖代谢、淀粉和蔗糖代谢、磷酸戊糖途径和细胞壁组织）、ER中的蛋白质加工、DNA修复和抗氧化事件对莲种胎脱水有积极的反应。在莲种胚脱水过程中，非酶促抗氧化剂和戊糖磷酸和维生素E作为主要的抗氧化剂，在脱水过程中维持荷花胚胎的REDOX平衡。这些结果为揭示荷花胚胎脱水?；せ频纳硌У骺赝缣峁┝嗣竿揪对诳寡趸；ぶ衅鹱胖饕饔?。应激生理学检测表明，H2O2是诱发氧化应激损伤的主要活性氧（ROS）成分，谷胱甘肽新的见解。蛋白质组学,Label Free/iTRAQ/dia/MRM/PRM。浙江清华大学 蛋白组学
蛋白质组学基本策略 研究基础 研究内容 研究意义背景。浙江清华大学 蛋白组学
iTRAQ标记定量蛋白组学技术鉴定AHSG和RPL29分别是上调和下调*****的蛋白。301份肝*标本的统计分析表明AHSG与NMT1呈正相关，而RPL29与NMT1呈负相关（图8A）。此外，NMT1和AHSG均与**分期正相关，而RPL29与肝*的**分期呈负相关（图8B）。值得注意的是，NMT1和AHSG水平较高的肝*患者的生存率低于水平较低的肝*患者（图8C）。而较高水平的RPL29表明存活率较高（图8C）。这些数据表明NMT1、NUP和NDP与肝*的临床结果密切相关。iTRAQ蛋白质组学技术鉴定NMT1敲除时发生变化的蛋白质；浙江清华大学 蛋白组学
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