选择该物种使用频率高的密码子,以降低引物的简并性。③应努力避免3’末端的简并,对于大多数氨基酸残基来说,意味着引物3’末端不要位于密码子的第三位。④在一些多义位置使用脱氧次黄嘌呤(dI)代替简并碱基。4.测序引物设计当然,测序引物的设计一般都由测序公司来完成,如果需要自己设计的话;那么除了按照上面所提到的引物设计通用标准外,还需要注意两点:①测序引物的特异性的标准掌握应该更严格一些,也就是说设计时更优先考虑特异性。因为在测序反应中,如果引物与模板在非预期位置退火并引发链延伸,会对结果对来很大的干扰甚至造成结果无法识读。②测序引物的Tm值适当高一些。现在大部分测序反应均选用耐热的测序级DNA聚合酶来催化,并采用PCR的热循环程序。选用的测序引物的Tm值稍高一些,有助于使反应顺利跨过待测模板的二级结构区,也有助于降低非特异反应。5.探针的设计探针的设计,根据不同的用途各有其设计特点,这里只是就通用的原则进行讨论:①探针的长短一般在20-50核苷酸之间,过长合成成本高,且易出现聚合酶合成错误,杂交时间长。太短则特异性下降。②注意G和C的含量努力控制在40-60%,同时一种碱基连续重复不超过4个,以免非特异性杂交产生。 荧光定量PCR是近年发展起来的实时定量检测特定核酸技术,是核酸探针,荧光共振能量传递和PCR技术的有机结合.国产荧光定量PCR仪规格有哪些
1.一般性原则(1)长度:一般引物互补区的长度为16-25bp,引物互补区的4×(G十C)十2×(A十T)不要没有必要大于70,一般也不要低于50(2)G十c含量:好在45%一55%之间,但有时受模板限制,无法理想化。但在有几种选择时,可以把G十c含量接近50%作为参数之一(3)碱基分布的随机性:应避免连续出现4个以上的单一碱基。尤其是不应在其3’端出现超过3个的连续G或C,否则会使引物在G十C富集序列区错误引发。(4)引物自身:不能含有很长的牢固的自身互补序列,尤其是引物3‘端回折形成的发夹不要一般超过3碱基,否则会影响引物与模板的结合(5)引物之间:两个引物之间不应有很长的牢固的互补或同源碱基,尤应避免3’端的互补重叠。2.具体原则①引物长度;特异性一般通过引物长度和退火温度控制。如果PCR的退火温度设置在近于引物Tm值(引物/模板双链体的解链温度)几度的范围内,18到24个碱基的寡核苷酸链是有很好的序列特异性的。引物越长,扩增退火时被引发的模板越少。为优化PCR反应,使用确保溶解温度不低于54℃的短的引物,可获得好的效率和特异性。总的来说,好在特异性允许的范围内寻求安全性。每增加一个核苷酸,引物特异性提高4倍;这样,大多数应用的短引物长度为18个核苷酸。 检验室国产PCR仪价格便宜实时荧光定量RT-PCR技术是近年来的新型检测技术,已成为分子医学/生物学研究的工具,并在许多领域得到了应用.
非洲猪瘟的影响范围是非常大的,很多家猪或者野猪都极易受到非洲猪瘟病毒的传染,再加上对于非洲猪瘟,我们无法一劳永逸的解决,养殖户只能不断检测,避免猪瘟的苗头出现,同时注意养殖场内的消毒工作,可以有效的减少非洲猪瘟传染的概率。在分子生物学中,经常会遇到细胞分裂的处理,这些处理方式利用人工来做的话,花费的时间往往极多,这就造成不必要的人力、物力浪费,是非常不合算的,所以我们一般利用基因扩增仪器进行这方面的处理,在很多实验室的使用过程中,取得了良好的成效。利用基因扩增仪器既可节省试验时间,提高实验效率,又能节约实验成本,同时根据不同的试验进行不同的设置,基因扩增仪器是为满足当今分子生物实验室的需求所设计,该仪器可以进行任何实时PCR检测,如病原体、突变、SNP的分析和快速筛选、细胞RNA水平的检测和量化等。封闭的反应体系,将污染降低。该仪器能够对数据进行实时收集和分析,其高效的数据管理能力使用户迅速生成数据和进行重复实验。
并含有能用于探针捕捉杂交实验的足够信息。这一长度范围的产物可以通过采用两步扩增循环方法得到,从而减少扩增时间。其他PCR方法有不同的佳产物长度。例如,通过定量的RNA-PCR检测基因表达时,产物应该足够大以便构成竞争性模板,这样,产物和竞争物都能够在凝胶上很容易的分辨出来。这些产物一般在250~750bp范围内。⑦补充说明若在cDNA序列内找寻PCR引物,需特别注意两点:首先,尽力将引物和产物保持在mRNA的编码区域内,因为这是生成蛋白质的独特序列,不像3’末端非编码区域与许多其他mRNA有同源性;第二,尽力把引物放在不同的外显子上,以便使RNA特异的PCR产物与从污染DNA中产生的产物在大小上相区别。若PCR的目的是克隆一个基因或cDNA的特异序列,产物的大小是根据具体应用预选的。在这里,计算机程序可以提供关于期望区域侧翼选择引物对的信息。在选择用来扩增来自不同物种DNA的引物时,应避开mRNA的5’和3’末端非翻译区序列,因为它们可能没有任何的同源性。3.简并引物设计①设计简并引物时,一定要检查靶扩增区域选定氨基酸遗传密码的简并度。很显然,我们期望选择简并度低的氨基酸,达到提高特异性的目的。②充分注意物种对于密码子的偏好性。 PCR克隆的一大优点是能够通过克隆将所需突变引入目的基因中,以便进行突变研究。
一对引物的Tm值相差尽量不超过2~3摄氏度,同时引物和产物的Tm值也不要相差太大,20摄氏度范围内较好。④引物的额外序列与退火温度若有额外的序列信息要加到引物中,例如T7RNA聚合酶结合位点、限制酶切位点或者GC发夹结构可以使用加长的引物。一般说来,引物5’端添加无关序列不会影响引物特异序列的退火。有时候,引物中添加了大量与模板不配对的碱基,可以在较低退火温度的条件下进行4到5个扩增循环;然后在假定引物5’端序列已经加入到模板中,计算得出的退火温度下进行其余的循环。在引物上添加限制酶位点时一个重要的考虑是大多数限制酶的有效切割要求在它们的识别序列的5’端有2至3个非特异的额外碱基,这样就会增加引物的非模板特异序列的长度。长引物序列的另一个缺点是影响溶解温度的精确计算,而这对于确定PCR反应时的退火温度又是必须的。对于低于20个碱基的引物,Tm值可以根据Tm=4(G+C)+2(A+T)计算。而对于较长的引物,Tm值需要考虑动力学参数、从“近邻位”的计算方式得到,现有的PCR引物设计软件大多数都采用这种方式。⑤引物的3’末端核苷酸组成引物3’末端和模板的碱基完全配对对于获得好的结果是非常重要的。 PCR一般指聚合酶链式反应。力康梯度PCR仪近期价格
基于聚合酶制造的PCR仪实际就是一个温控设备,能在变性温度,复性温度,延伸温度之间很好地进行控制。国产荧光定量PCR仪规格有哪些
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