插入突变风险评估一些整合性载体(如逆转录病毒、慢病毒、转座子)可将外源基因插入整合到细胞基因组中,这可能会导致关键基因突变或jihuo原基因,从而导致恶性liu风险增加。影响插入突变的关键风险因素包括:(1)载体的整合特征,如插入位点的偏好性;(2)载体的设计,如增强子、启动子等构建元件的活性,影响邻近基因的潜力;产生剪接突变体的潜在剪接位点或多聚腺苷酸信号等;(3)细胞载体拷贝数;4)转基因表达产物的功能活性(如与细胞生长调控相关)和表达水平;5)靶细胞群的转化可能性,这可能与细胞的分化状态、增殖潜力、体外培养条件和体内植入环境等有关。检测脱靶效应比较好的方法:CIRCLE-seq。上海crispr脱靶检测政策
gRNA的长度和错配: 17个核苷酸长度的gRNA显示出更高的基因组编辑效率。相比之下,18-20 bp的长度显示出较低的基因组编辑效率。在人类细胞中减少潜在脱靶效应的指导方针:1) 应避免在PAM的7-10 bp范围内靶序列有超过3个错配;2) 在PAM的12 bp内,应避免sgRNA 凸起以减少脱靶效应。gRNA的化学修饰:在gRNA核糖磷酸骨架中加入2?-O-甲基-3?-膦酰基乙酸酯会导致位点特异性修饰,使脱靶切割减少40-120倍,同时保持靶向性能。gRNA上游5'发夹结构的修饰可以提高Cas9和Cas12的特异性,降低脱靶效应。定量脱靶检测评估脱靶检测政策,推荐唯可生物,实验实力强,专业性高,检测效率高,结果准确率高。
基因zhiliao产品特有的可能会引起迟发性不良反应的风险因素包括:基因组整合活性基因zhiliao产品可能会采用修饰宿主基因组的技术,并有可能在宿主细胞或组织中持续存在。很多基因zhiliao载体的基因整合不会指向基因组的特定位点,可能在整合位点处产生插入突变、或jihuo整合位点附近的原基因等,进而破坏重要基因功能或增加恶性liu的风险,例如,国外已有多项研究报告在接受了使用γ-逆转录病毒载体转导的基因修饰细胞zhiliao的受试者中发生白血病。因此,对于存在此类风险的产品,有必要进行长期随访临床研究以评估出现迟发不良反应的风险。
检测方法的敏感度、特异性和可重复性应经过验证,并设计适当的阳性和阴性对照;当体内靶细胞或替代细胞中载体序列阳性的比例超出预期范围时,应开展克隆性生长的评估。如果存在优势克隆或单克隆生长,应在不超过3个月的时间内再次检测确认,并尽快开展整合位点的分析。当载体的整合位点确定后,应与人类基因组数据库及基因组的其他数据库等进行比较,确定整合位点的基因功能,评估是否与包括zheng在内的任何疾病有关。如果受试者体内出现载体阳性细胞的克隆性生长,或检测发现基因整合位点在基因或相关基因附近,应缩短检测间隔至不超过3个月并密切监测恶性liu征兆,直至检测不到基因zhiliao载体。脱靶检测方法,推荐唯可生物,实验实力强,专业性高,检测效率高,结果准确率高。
由于设计的sgRNA会与非靶点DNA序列错配,引入非预期的基因突变,即脱靶效应(Off-targeteffects)。脱靶效应造成了研究中的许多不确定性,这无疑限制了该技术的应用。因此,研究者希望能开发有效的方法来检测脱靶效应。在目前主流的脱靶效应评估方法中,有一种方法为GUIDE-seq,其原理是利用一种短的双链寡聚核苷酸(dsODN)标记CRISPR/Cas诱导的脱靶断裂,然后对标签所在的基因组区域进行高通量测序,通过生物信息学分析从而确定脱靶位点。利用该技术可以在基因组范围内检测CRISPR脱靶效应,从而改变了以往先预测假定脱靶位点再检测的思路;与其他的评估方法相比,GUIDE-seq更精确、更灵敏。选择潜在的脱靶位点,例如选择gRNA预测网站上Top 5潜在脱靶位点,进行Sanger测序单克??;广州高精度脱靶检测评估
基因编辑治疗过程中安全性评价,即脱靶效应的检测。上海crispr脱靶检测政策
对基于慢病毒/逆转录病毒载体的基因zhiliao产品,如出现与可复制xingbing毒可能相关的不良事件,还应开展可复制xingbing毒(replicablecompetentlentivirus/retrovirus,RCL/RCR)的检测。关于基因编辑产品的特殊考虑基因编辑产品除了适用基因zhiliao产品的一般考虑以及整合性载体的特殊考虑外,长期随访中还应额外关注脱靶风险,量化评估脱靶活性和在靶活性之间的相关性,或利用在靶活性来预测脱靶活性的水平。如果基因zhiliao产品通过全身给yaofang式递送,长期随访中的安全性监测不仅包括靶qiguan或靶组织的脱靶活性,而且还应包括可能发生在其他组织和qiguan中的脱靶活性。上海crispr脱靶检测政策