全基因组测序是对重组细胞的基因组DNA进行深度测序，技术成熟简单这里不做介绍了，我们分享一下LM-PCR结合二代测序的检测方法。LM-PCR全称连接介导的PCR。将含有慢病毒插入的基因组进行随机打断并连接接头，然后通过两轮PCR富集含有慢病毒LTR-宿主区域的嵌合序列。此扩增产物进行二代测序即可以分析确定载体在宿主基因组上的整合位点。LM-PCR与高通量测序技术相结合后，有了更为丰富的应用场景。比如，识别整合载体（慢病毒载体，转座子）的整合位点。该技术广泛应用于基因zhiliao研究基因修饰细胞的克隆组成，或者通过研究整合事件评估新载体系统的生物安全性。慢病毒载体在人角质形成细胞基因组中的整合位点分析。北京AAV整合位点安全性评价

免疫细胞zhiliao产品的风险水平与多种因素有关，如细胞来源和类型、体内活性和存活时间、是否有外源基因表达、基因表达使用的载体类型以及是否存在基因组整合等。针对不同风险水平的免疫细胞zhiliao产品，随访持续时间的建议如下：?对于没有外源基因表达、且体外操作不改变细胞存活时间及分化潜能的免疫细胞zhiliao产品，长期随访的持续时间不应短于细胞在体内的自然存活时间，建议对受试者进行1年或以上的随访。对于有外源基因表达、但不存在基因整合或基因重组风险，或载体的基因整合或重组风险较低的免疫细胞zhiliao产品，建议对受试者进行不少于5年的随访。?对于有外源基因表达、而且表达载体存在基因整合或有基因重组风险的免疫细胞zhiliao产品，建议对受试者观察不少于15年。武汉基因编辑整合位点安全性评价整合位点和复制位点。

免疫细胞zhiliao产品的剂量描述，很多免疫细胞zhiliao产品的细胞组成并非均一，往往包含多种类型的细胞，起主要zhiliao作用的可能是其中一种细胞类型，但不良反应可能受同一产品中其它类型细胞的影响。在描述免疫细胞zhiliao产品的剂量时，需要考虑产品的特定属性，例如细胞类型和来源（自体与同种异体来源等）、转导效率、单个细胞的载体平均拷贝数和细胞活力、效价和生物学活性等。在尚无法明确不同细胞亚群对活性作用或不良反应的影响时，明确终产品中的细胞亚群和所占比例，并比较不同细胞亚群对临床结局的影响，可能有助于识别与产品安全性和有效性较相关的细胞亚群。

当载体或基因zhiliao产品原有的风险特征增加时，例如经过修饰以携带基因组编辑成分的质粒或改变给yaofang式以提高整合能力等，需要提高对长期随访观察的要求；反之，也可以对目前认为存在迟发风险的基因zhiliao载体进行修饰，以降低这些风险。长期表达，与其他产品相比，部分基因zhiliao产品的明显特征是可以在患者靶细胞或基因修饰细胞中持续存在并编码表达作用因子（功能性蛋白或基因表达调节元件），并通过长久或长期改变靶细胞或组织的功能来达到zhiliao效果。同时，由于基因zhiliao编码的作用因子在体内的长期暴露或表达异常，可能产生与其功能相关的长期安全性风险，如细胞生长失控和恶性liu形成、自身免疫反应或其他无法预测的迟发性不良反应。从细胞游离DNA中检测载体整合位点。

相较于LM-PCR方法，重组细胞全基因组重测序需要较大数据量，比较适合用于经过表型筛选的单克隆细胞的测序，比如用于抗体药物生产重组CHO细胞的位点检测，但全基因组测序可对宿主基因组自身的变异进行检测。应用场景：CAR-T细胞安全性检测（药物申报）；基因zhiliao研究中使用的病毒性载体的安全性检测等；1.LM-PCR不适合评估每个整合位点插入序列发生的变异，不适用于插入序列的拷贝数检测，拷贝数检测可以采用qPCR方法进行。2.INZR-WGS（WGS法）传统PCR技术分析整合位点依赖限制性内切酶酶切,存在一定偏好性；南通慢病毒载体整合位点分析

在靶向CD19的CAR-T临床试验中,慢病毒传染的CAR-T整合位点显示出更的抗效力。北京AAV整合位点安全性评价

慢病毒是逆转录病毒的一类，慢病毒整合到宿主细胞的染色体上可以长期稳定表达，并且与其他逆转录病毒（例如腺病毒）相比，慢病毒不但能ganran分裂期细胞，而且还能ganran非分裂期的细胞。基于以上优点，慢病毒载体（lentiviral vector）作为外源基因转移载体已广用于临床前基因研究及临床基因zhiliao。然而目前尚不能实现利用慢病毒载体将目的基因插入到特定位点，因此存在插入性突变致的风险。腺相关病毒（adeno-associated virus，AAV）是目前发现的一类结构较简单的单链DNA缺陷型病毒。而重组腺相关病毒载体(rAAV) 源于非致病的野生型腺相关病毒，具有安全性好、宿主细胞范围广和在体内表达时间长等特点，目前的科学界共识是AAV不会导致任何人类疾病，因此成为目前较有前景的基因zhiliao载体。然而，近年来不断有研究表明AVV可将外源基因片段插入到染色体上。北京AAV整合位点安全性评价