微生物基因组——数据组装后的分析步骤 基因预测:利用软件如Prokka等进行基因预测。这些软件会根据微生物基因组的序列特征,识别出可能的基因区域。例如,通过寻找开放阅读框(ORF)来确定基因的位置和范围。对于细菌基因组,由于其基因结构相对简单,基因预...
二代测序的建库步骤①样本准备样本采集:根据研究目的采**适的样本,如血液、组织、细胞等。例如,在**研究中,可能会采集**组织和对应的正常组织。对于血液样本,一般采用静脉穿刺采集外周血,收集在含有抗凝剂(如EDTA)的**管中,以防止血液凝固。组织样本则需要在...
常见的二代测序类型① 全基因组测序(WGS):对生物体整个基因组进行测序,涵盖所有基因、非编码区域、调控区域等。能***检测基因组变异,但数据量和成本较高,适用于复杂疾病研究、物种进化分析等. 全外显子组测序(WES):针对基因组中全部外显子区...
二代测序的优势和劣势有哪些?优势:能够同时得到大量的序列数据,相比于一代测序技术,通量提高了成千上万倍;单条序列成本非常低廉。劣势:序列读长较短,Illumina平台为250-300bp,454平台也只有500bp左右;由于建库中利用了PCR富集序列,因此有一...
WES测序 WES测序即全外显子组测序,是基于二代测序技术的新型基因检测方法,以下是具体介绍: 原理 人类基因组中*1%-5%的外显子区域编码蛋白质,却包含约85%的致病变异。WES测序通过序列捕获技术富集外显子区域DNA,再利用高通量测...
WES测序应用领域 遗传性疾病的诊断和研究:适用于具有遗传病家族史、发育迟缓、智力障碍、自闭症、先天性畸形等症状的患者,以及经过相应疾病panel检测结果为阴性、需要更大范围寻找可能遗传病因的患者等。可以发现与遗传病相关的基因突变和变异,为遗传病的诊...
什么是chip-seq? Chip-seq即染色质免疫共沉淀测序(ChromatinImmunoprecipitationSequencing),是一种结合染色质免疫共沉淀(ChIP)技术与高通量测序(NGS)的分子生物学技术,可在全基因组范围内检测...
什么样本可以做二代测序?① 1、血液样本 全血:这是最常见的样本类型之一。血液中含有白细胞,其细胞核内有完整的基因组DNA。通过提取白细胞中的DNA,可以进行全基因组测序、全外显子组测序等。例如,在遗传病的基因诊断中,抽取患者的全血,提取DNA...
二代测序的建库步骤②二、片段化处理物理方法:超声破碎是常用的物理片段化方法。它通过超声波的高频振动将核酸分子打断成合适大小的片段。例如,在一些文库构建中,将DNA样本置于超声破碎仪中,通过调整超声功率和时间,可以将DNA片段化到几百碱基对(bp)的长度范围,一...
二代测序——转录组测序的实验流程(下)测序根据研究需求和预算选择合适的测序平台,如Illumina测序平台。它的测序原理主要是边合成边测序(SBS)。在测序过程中,dNTP(脱氧核糖核苷三磷酸)带有不同颜色的荧光标记,当新的dNTP加入到正在合成的DNA链时,...
二代测序在代谢组研究中的应用途径② 调控元件测序辅助代谢组分析 原理:除了对编码基因的转录组测序外,二代测序还可用于分析非编码RNA(如miRNA、lncRNA等)以及基因的调控元件(如启动子、增强子等)。miRNA可以通过与靶mRNA结合抑制...
一代、二代、三代测序的技术原理和技术特点分别是什么? 技术原理: 一代—双脱氧终止法 二代—桥式PCR+4色荧光可逆终止+激光扫描成像 三代—PacBio SMRT测序技术 技术特点: 一代—只能检测序列一致的PCR产物...
二代测序——质量控制类问题 如何评估二代测序数据的质量:主要通过一些质量指标来评估,如Q值(质量值)分布,用于衡量每个碱基的测序质量;碱基含量分布,检查四种碱基的比例是否正常;GC含量分布,看是否与预期的基因组GC含量相符;序列重复度,评估数据中重复...
二代测序——微生物基因组应用领域 环境领域 环境微生物监测:对土壤、水体等环境中的微生物群落进行监测。通过二代测序微生物基因组,可以了解环境微生物的多样性和功能。例如,在监测土壤污染修复过程中,对土壤微生物基因组进行测序,可以发现能够降解污染物...
一代、二代、三代测序的区别分别是什么? 一代测序是上世纪70年代由Sanger和Coulson开创的DNA双脱氧链终止法测序,也称为Sanger测序。 二代测序技术(NGS)是为了改进一代测序通量过低的问题而出现的,能够同时对上百万甚至数十亿个...
一代、二代、三代测序的区别分别是什么? 一代测序是上世纪70年代由Sanger和Coulson开创的DNA双脱氧链终止法测序,也称为Sanger测序。 二代测序技术(NGS)是为了改进一代测序通量过低的问题而出现的,能够同时对上百万甚至数十亿个...
二代测序——质量控制类问题 如何评估二代测序数据的质量:主要通过一些质量指标来评估,如Q值(质量值)分布,用于衡量每个碱基的测序质量;碱基含量分布,检查四种碱基的比例是否正常;GC含量分布,看是否与预期的基因组GC含量相符;序列重复度,评估数据中重复...
一代、二代、三代测序的技术原理和技术特点分别是什么? 技术原理: 一代—双脱氧终止法 二代—桥式PCR+4色荧光可逆终止+激光扫描成像 三代—PacBio SMRT测序技术 技术特点: 一代—只能检测序列一致的PCR产物...
二代测序的建库步骤⑥ 六、文库质量检测 定量检测:使用荧光定量PCR(qPCR)或其他核酸定量方法(如Qubit)来确定文库的浓度。Qubit是一种基于荧光染料与核酸特异性结合的定量方法,它可以准确地测量DNA或RNA的浓度,并且对不同大小的核...
二代测序—全外显子测序的原理是什么? 全外显子测序主要是利用序列捕获技术,将基因组 DNA 中的外显子区域富集起来,然后通过高通量测序技术(如第二代测序技术 Illumina 测序平台)对富集后的外显子 DN**段进行测序。其大致步骤包括 DNA 提...
二代测序——微生物基因组应用领域 工业领域 微生物菌株改良:在发酵工业中,通过对工业微生物(如酵母菌、乳酸菌等)基因组测序,找到与发酵性能相关的基因。例如,通过基因编辑技术改造酿酒酵母基因组中与酒精发酵效率相关的基因,提高酒精产量。同时,也可以...
二代测序——应用领域类问题 二代测序在**研究中的应用有哪些:可用于**的早期筛查,通过检测血液中的循环**DNA;进行**的诊断分型,确定**的基因突变特征;评估***效果,监测***过程中肿瘤细胞的基因变化;预测**的预后,分析与预后相关的基因标...
一代、二代、三代测序的区别分别是什么? 一代测序是上世纪70年代由Sanger和Coulson开创的DNA双脱氧链终止法测序,也称为Sanger测序。 二代测序技术(NGS)是为了改进一代测序通量过低的问题而出现的,能够同时对上百万甚至数十亿个...
二代测序——实验流程类问题 二代测序的实验流程包括哪些步骤:首先是样本准备,提取高质量的DNA或RNA,并进行片段化处理;然后进行文库构建,在片段两端连接特定接头;接着进行文库质量检测和定量,合格的文库上机测序;***对测序得到的原始数据进行生物信息...
转录组测序的主要测序对象包括以下几类(上): 信使RNA(mRNA) mRNA是编码蛋白质的转录本,在转录组测序中,可通过对mRNA的测序和分析,了解基因的表达水平、可变剪接情况以及基因结构变异等,从而揭示基因在特定细胞或组织中的功能和调控机制...
二代测序的建库步骤② 二、片段化处理 物理方法:超声破碎是常用的物理片段化方法。它通过超声波的高频振动将核酸分子打断成合适大小的片段。例如,在一些文库构建中,将DNA样本置于超声破碎仪中,通过调整超声功率和时间,可以将DNA片段化到几百碱基对(...
二代测序——转录组测序的背景和基本原理 1、背景:在基因表达过程中,DNA 转录为 RNA,转录后的 RNA 会经过一系列加工,包括剪接等过程形成成熟的 mRNA,然后进行翻译产生蛋白质。转录组测序可以让我们在全基因组范围内研究基因的表达情况,相比于...
二代测序——转录组测序的背景和基本原理 1、背景:在基因表达过程中,DNA 转录为 RNA,转录后的 RNA 会经过一系列加工,包括剪接等过程形成成熟的 mRNA,然后进行翻译产生蛋白质。转录组测序可以让我们在全基因组范围内研究基因的表达情况,相比于...
一代、二代、三代测序的区别分别是什么? 一代测序是上世纪70年代由Sanger和Coulson开创的DNA双脱氧链终止法测序,也称为Sanger测序。 二代测序技术(NGS)是为了改进一代测序通量过低的问题而出现的,能够同时对上百万甚至数十亿个...
不同二代测序技术平台的速度 Illumina 测序平台:这是目前市场上应用较为***的二代测序平台之一,其测序速度较快。例如 Illumina NovaSeq 系列,一次运行可以在 1-3 天内产生大量的数据,通量可达数亿甚至数十亿条读长,能够满足大...